จุดเริ่มต้นและการบริหารงานในรูปแบบโครงการจัดตั้ง (พ.ศ. 2564) สำนักงานคณบดี คณะวิศวกรรมศาสตรบูรณาการและเทคโนโลยี มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลตะวันออก มีจุดเริ่มต้นสอดคล้องกับการจัดตั้งคณะวิศวกรรมศาสตรบูรณาการและเทคโนโลยี โดยในปี พ.ศ. 2564 มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลตะวันออกได้ออกประกาศจัดตั้ง “โครงการจัดตั้งคณะวิศวกรรมศาสตรบูรณาการและเทคโนโลยี วิทยาเขตจันทบุรี” เพื่อดำเนินงานด้านการจัดการศึกษา ส่งเสริมวิชาการและวิชาชีพชั้นสูงที่เน้นการปฏิบัติ การทำวิจัย และการบริการวิชาการแก่สังคม

ในระยะเริ่มต้นนั้น กลไกการบริหารงานสนับสนุนทั้งหมดขับเคลื่อนภายใต้ระบบงานของสำนักงานโครงการจัดตั้งคณะฯ ซึ่งเป็นหน่วยงานสนับสนุนมีบทบาทหน้าที่ในการดำเนินการส่งเสริม สนับสนุน และให้บริการงานด้านต่าง ๆ ตามวิสัยทัศน์ พันธกิจ และนโยบายการดำเนินงานของคณะในทุกด้าน การยกระดับหน่วยงานสู่โครงสร้างคณะอย่างเต็มรูปแบบ (พ.ศ.2567)

ต่อมาเพื่อรองรับการขยายตัวและเพิ่มประสิทธิภาพการบริหารจัดการองค์กรให้สอดคล้องกับบริบท ด้านการอุดมศึกษาในปัจจุบัน สภามหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลตะวันออกจึงมีมติเห็นชอบให้ยกระดับหน่วยงานขึ้นเป็น “คณะวิศวกรรมศาสตรบูรณาการและเทคโนโลยี” อย่างเป็นทางการ เมื่อวันที่ 9 พฤษภาคม พ.ศ. 2567 และได้มีระเบียบมหาวิทยาลัยฯ ว่าด้วยการบริหารและการดำเนินงานของคณะฯ ประกาศใช้บังคับตั้งแต่วันที่ 10 กันยายน พ.ศ. 2567 เป็นต้นไป